1986年张亚平从复旦大学生物系毕业，考入中国科学院昆明动物研究所就读研究生；1991年获得博士学位后留所工作；1992年前往美国圣地亚哥动物协会做博士后研究；1995年回到中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放研究实验室，担任研究员、博士生导师、主任，同年获得第二届国家杰出青年科学基金资助；1996年被评为云南省十大杰出青年；1999年担任云南省畜禽分子生物学重点实验室主任；2001年带领的研究团队入选国家自然科学基金委首批创新研究群体；2002年获得第三届国际“生物多样性领导奖”，是获此奖项的第一位亚洲学者；2003年当选为中国科学院院士(时年38岁)；2004年获得生物科学创新奖；2005年出任中国科学院昆明动物研究所所长，同年获得云南省科学技术突出贡献奖；2007年当选为发展中国家科学院院士；2008年当选为云南省科学技术协会第七届委员会主席；2012年出任中国科学院副院长。

　　从事分子进化和基因组多样性研究，在动物分子系统学、家养动物的起源与驯化机制、亚洲人群的遗传多样性与进化、动物适应进化的遗传机制等研究方面取得系列成果，获国家自然科学二等奖2项。